Snouck Hurgronje berkahwin dengan wanita Jawa Barat (anak kepada imam terkenal) dan mendapat seorang anak bernama Yusuf. Kemudian Snouck dipanggil pulang ke Belanda,

1906 Snouck pulang ke Belanda. 1910 beliau berkahwin dengan Ida Maria, anak paderi Dr AJ Gort di Zutphan. Kemudian dia menjadi guru besar di Universiti Leiden . Beliau dikatakan mengalami penyakit gila[perlu rujukan] dan pada 16 Julai 1936 Snouck meninggal dunia.